Nasce na Serra da Estrela (Cântaro Magro), a 1900 m de altitude e com uma extensão total de 214 Km,
vai confluir com o Tejo em Constância,
a uma cota muito inferior: 100 metros. Tem uma bacia de
cerca de 5043 Km2.Tem portanto três factores determinantes para a produção de energia eléctrica por via hídrica: declive, caudal e margens rochosas. Daí a construção de sucessivas barragens que geram uma albufeira de mais de 100 Km de extensão.
Tal como o Mondego, o primeiro troço do Zêzere é o mais interessante e o menos conhecido do ponto de vista paisagístico.
Nascendo perto do Covão da Ametade, o Zêzere corre até Manteigas ao longo de um vale glaciário de perfil em U, que se terá formado em tempos geológicos recentes. Nesta primeira fase o rio corre para norte. A norte da Covilhã faz uma grande curva e toma a orientação definitiva, correndo de nordeste para sudoeste.
A confluência com o Tejo faz-se em Constância.